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本篇主要介绍了十二经别循行的路线。“经别”， 其实就是十二经脉之别道而行的部分，其循行的路线不仅部位深而且距离长–由四肢深入内脏，再由内脏出于头颈。因为本篇主要阐述了经别的出入离合及其走行的路线，所以篇名叫做"经别"。

本篇详述了十二经脉在全身的分布和循行情况，以及十五络脉的名称、循行路径及其虚实病候的表现。全篇内容，都着重在说明经脉具有决生死、处百病、调虚实的重要作用，所以篇名叫做"经脉"。

本篇列举了三阴三阳经各自之病证在人迎与寸口部位的脉象表现，及其在治疗时的补泻方法，取穴数目，以及针刺的间隔日期等等，说明了在临证时必须根据脉证的虚实，来决定补泻的手法。同时，本篇还阐明了循经近刺法和远道刺法的适用病证，并指出针刺的深浅先后，一定要根据疾病性质、四季时令、病人体质、针刺部位等各方面的具体情况而灵活运用。最后，本篇详述了十二种针刺的禁忌和十二经脉气将绝时的症状表现。由于本篇的主旨，在于阐述只有掌握了生理、病理、诊断、治疗等各方面的自始至终的变化规律，才可以用好针法这一道理，所以篇名叫做"终始"。

本篇论述了人之精、神、魂、魄、心、意、志、思、智、虑等精神活动的产生过程，以及养生与健康的关系；并具体指出了因七情耗伤，而使精神活动发生变动，所形成的不同的病理征象。因为本篇着重强调了必须要在详细了解患者精神活动状况的基础上，才可以进行针刺这一治疗原则，所以篇名叫做"本神"。

本篇主要讨论了正确使用九针的重要性，说明了九针各有其不同的性能，并指出了其各自的适应证。由于本篇所阐述的内容均具有法定之意，即治病立法，因此本篇叫做"官针"。

本篇着重讨论了人体阴阳刚柔的不同体质类型，其中包括了形体的缓急、元气的盛衰、皮肤的厚薄、骨骼的大小、肌肉的坚脆、脉气的坚大弱小等方面的内容。因为本篇主要从体质形态刚柔来阐述辨别生死、寿天的方法，所以篇名叫做"寿天刚柔"。

本篇主要是讨论经脉的根穴与结穴在治疗上的作用。根，是经脉之气始生之处；结，是经脉之气归结之地。本篇详述了足之三阴三阳经根结的部位与穴名，对应于开、阖、枢而具有的不同作用及其所主的疾病；又列举了手足三阳经各自之根、溜、注、人等部位的主穴。由于本篇的内容，着重于经络的根结本末与治疗的关系，所以篇名叫做"根结"。

本篇详细讨论了不同邪气侵袭人体时所伤及的不同部位以及中阴中阳的区别，列举了邪气中人的不同原因，阐述了察色、诊脉和察尺肤等在诊断上的意义及重要性。因本篇重点论述了邪气中人的原因以及五脏六腑为邪气所伤时出现的病形，故称为"邪气脏腑病形"。

本篇是将《灵枢·九针十二原》中有关讨论运用小针(微针)问题的内容，按其原文顺序，择要加以解释，并作进一步的注解和补充说明，所以篇名为"小针解"。

本篇重点讨论了五脏六腑与经脉之气在肘膝关节以下出人流注经过的部位，具体指出了每经井、荥、输、原、经、合各穴的名称与部位；另一方面，本篇也论及了脏腑相合的关系和作用，以及四时取穴的方法等等。由于本篇的内容，以详述五输穴为主，所以篇名为"本输"。