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本篇主要是讨论经脉的根穴与结穴在治疗上的作用。根，是经脉之气始生之处；结，是经脉之气归结之地。本篇详述了足之三阴三阳经根结的部位与穴名，对应于开、阖、枢而具有的不同作用及其所主的疾病；又列举了手足三阳经各自之根、溜、注、人等部位的主穴。由于本篇的内容，着重于经络的根结本末与治疗的关系，所以篇名叫做"根结"。

本篇详细讨论了不同邪气侵袭人体时所伤及的不同部位以及中阴中阳的区别，列举了邪气中人的不同原因，阐述了察色、诊脉和察尺肤等在诊断上的意义及重要性。因本篇重点论述了邪气中人的原因以及五脏六腑为邪气所伤时出现的病形，故称为"邪气脏腑病形"。

本篇是将《灵枢·九针十二原》中有关讨论运用小针(微针)问题的内容，按其原文顺序，择要加以解释，并作进一步的注解和补充说明，所以篇名为"小针解"。

本篇重点讨论了五脏六腑与经脉之气在肘膝关节以下出人流注经过的部位，具体指出了每经井、荥、输、原、经、合各穴的名称与部位；另一方面，本篇也论及了脏腑相合的关系和作用，以及四时取穴的方法等等。由于本篇的内容，以详述五输穴为主，所以篇名为"本输"。

九针，是指古代针刺治疗所用的九种不同形状的针具；十二原，是指脏腑真气输注于体表的处所，也是治疗脏腑疾患的十二个要穴。本篇详细明确地介绍了九针的名称、形状以及不同的用途；介绍了十二原穴的名称及其各自所对应的脏腑，并说明了五脏六腑有病，可以分别取用相应的十二原穴来进行治疗的道理。所以本篇名为"九针十二原"。

本文系统阐述了耳针疗法的全息诊疗体系与临床应用，揭示其"耳廓倒置投影"的生物学原理（耳垂=头面/耳轮=脊柱）与"肾-耳关联"的中医理论基础。临床操作以阿是穴（痛点）为核心，通过埋针（4-8天）、放血（如醒酒穴）或按摩等方式，实现即时止痛（心绞痛）、炎症控制（耳部感染）及慢性病管理（子宫肌瘤）。诊断层面，耳部凸起提示实症（肿瘤）、凹陷标志虚症（功能衰退）。特色应用包括：耳垂醒酒穴放血解酒醉、三角窝埋针治妇科病、配合体针（如内关）增强疗效。需注意肾虚者耳部易感染、化疗患者慎用等禁忌，强调"耳体反射诊断早于仪器"的预防医学价值，最终达成"小耳朵调全身"的整体治疗目标。